Comentario
Desde la llegada de Godoy, y con la colaboración de hombres de talante antiilustrado, como Álvarez, tío de Godoy, en la Secretaría de Guerra y, sobre todo, del ministro de Gracia y Justicia, José Antonio Caballero, un paladín del reaccionarismo, se inició la persecución de los elementos reformistas del equipo ministerial anterior. Godoy, abandonando sus coqueteos con la Ilustración de su primera etapa de gobierno y considerándose traicionado por sus elementos más característicos, se alió con el sector mayoritario del clero, enemigo de las Luces y descontento con la política religiosa de Urquijo. Según recoge Javier Varela en su biografía de Jovellanos, María Luisa de Parma era la principal instigadora de esta caza ideológica, aconsejada por su confesor y futuro arzobispo de Santiago, Múzquiz. En su correspondencia privada la reina opinaba que "nadie ha destruido y aniquilado esta monarquía como dos pícaros ministros, cuyo nombre no merecían, que es Jovellanos y Saavedra, y el intruso o ente de Urquijo... ¡Ojalá jamás hubiesen existido tales monstruos, así como quien los propuso con tanta picardía como ellos, que es el mal hombre de Cabarrús!"
La ofensiva antiilustrada situó en el primer plano la tesis, ya antigua, de la conspiración jansenista que, bajo el pretexto de reformar la Iglesia, deseaba acabar con la religión revelada. La difusión de traducciones de la obra del jesuita francés Henri-Michel Sauvage, Realité du Project de Bourg-Fontaine, que había aparecido en París en 1755, fue considerable. Se trataba de denunciar la conspiración jansenista en Francia, dando a conocer a los españoles este plan para destruir la religión y haciendo una llamada a la acción para impedir que se esparciesen en España los errores que estaban socavando la Iglesia. Esa esperanza animaba en 1798 a los editores de la traducción española de la obra del abate Bonola, un ex jesuita italiano, titulada La Liga de la teología moderna con la filosofía para arruinar la Iglesia y el trono. Bonola seguía fielmente, como la mayor parte de los jesuitas extinguidos, la tesis conspirativa de Sauvage, quien decía tener pruebas de que los fundadores del jansenismo, con Jansenio al frente, se habían reunido a mediados del siglo XVII en el monasterio cartujo de Bourg-Fontaine, en las cercanías de París, y allí habían acordado "echar por tierra la religión Christiana e introducir el Deísmo, y repartieron entre sí los medios de que se habían de valer para poner en práctica ese impío proyecto".
En los mismos días de la ofensiva de Godoy contra los reformistas, revestidos con el calificativo de jansenistas, corrían por España copias manuscritas de las Causas de la Revolución Francesa del ex jesuita español Lorenzo Hervás y Panduro, que era una contribución más de los jesuitas españoles exiliados en Italia a la teoría de la conspiración urdida por los filósofos y los llamados jansenistas contra la religión y el Estado.
El camaleónico Godoy se situaba, ahora, a la cabeza de una ofensiva reaccionaria que, entre otras violencias contra los grupos ilustrados, encarceló sin proceso a Jovellanos en la cartuja de Valldemosa primero y en el castillo mallorquín de Bellver después, entre abril de 1801 y el mismo mes de 1808, considerándolo uno de los causantes de su caída en 1798. Pero no fue Jovellanos la única víctima, pues la operación estaba destinada a acabar con todos los ilustrados influyentes, tal y como lo manifestaba Godoy a los reyes a primeros de febrero de 1801: "pienso que este mal debe cortarse ahora mismo. Jovellanos y Urquijo son los titulares de la comunidad; sus secuaces son pocos, pero mejor es que no exista ninguno". Estanislao de Lugo, el conde del Pinar, la condesa de Montijo, su cuñado el obispo de Cuenca Antonio Palafox, el ayo de los infantes José Yeregui, el obispo de Salamanca Antonio Tavira y otros muchos personajes sobresalientes fueron acusados de jansenismo y de opiniones perniciosas en materias políticas y condenados al ostracismo hasta que los acontecimientos de 1808 les ofrecieron una nueva oportunidad de influir en los asuntos públicos.